Resumen de Desarrollo de un panel de SNPs para la asignación de paternidad aplicado a los programas de mejora y conservación de razas ovinas de carne del Noreste de España

Jorge Hugo Calvo Lacosta, Magdalena Serrano Noreña, Flavie Tortereau, Pilar Sarto Aured, M.A. Jiménez, Laura Pilar Iguácel Quintana, José Folch Pera, José Luis Alabart Álvarez, Stéphane Fabre, Belén Lahoz Crespo

• español

  El objetivo de este trabajo fue el desarrollo de un panel de SNPs para la asignación de paternidad a partir de los datos de genotipado obtenidos con el chip “Ovine SNP50 Bead Array (50K)” en las razas Rasa Aragonesa, Navarra, Churra Tensina, Ansotana, Xisqueta, Roya Bilbilitana, Maellana, Ojinegra y Cartera. Se seleccionaron un total de 159 SNPs en equilibrio de Hardy-Weinberg, con una frecuencia del alelo menos común (MAF) superior a 0,3, un porcentaje de individuos genotipados por SNP superior al 97% en las 9 razas analizadas, y que presentasen herencia mendeliana. El MAF medio fue de 0,43, variando desde 0,41 (Churra Tensina) hasta 0,44 (Xisqueta y Navarra). La probabilidad de identidad (Pi) de que dos individuos elegidos al azar fueran idénticos para estos marcadores varió entre 8,81 × 10−67 (Cartera) y 2,29 × 10−64 (Roya Bilbilitana). La probabilidad de exclusión de un solo progenitor (PE1), o los dos progenitores (PE2) fue prácticamente 1 en todas las poblaciones. Finalmente, este panel fue testado en las razas Rasa Aragonesa, Navarra, Ansotana y Cartera mediante tecnología KASP usando un panel de 192 SNPs que incluyen los 159 SNPs para la asignación de paternidad y 33 SNPs funcionales (PrnP, BMP15, MTNR1A…).

• English

  Accurate pedigree information is an essential tool in genetic breeding programs to ensure the highest rate of genetic gain and in conservation programs to avoid inbreeding. The objective of this study was to develop a SNP assay to use in some North-Eastern Spanish meat sheep populations for accurate pedigree assignment. Two hundred and sixty animals from nine sheep breeds were sampled: Rasa Aragonesa, Navarra, Ansotana, Xisqueta, Churra Tensina, Maellana, Roya Bilbilitana, Ojinegra and Cartera. We used SNP genotypes from the Illumina Ovine SNP50 BeadChip array. In total, 159 SNPs in Hardy-Weinberg equilibrium, displaying a MAF >0.3 and a call rate >0.97 in all the nine populations, and not associated with Mendelian errors in verified family trios or duos were selected. The average MAF was 0.43. The probability (Pi) that two randomly selected individuals had identical genotypes within breed was very low (from 8.81 × 10−67 to 2.29 × 10−64 in Cartera and Roya Bilbilitana populations, respectively). The exclusion probabilities of either one or the two randomly selected parent(s) were close to 1 in all populations. The parentage assignment procedure was tested using KASP technology for genotyping in a final panel of 192 SNPs that included other functional SNPs (PrnP, BMP15, MTNR1A…).