Resumen de Genómica funcional e inmunología

J. C. Balasch, Nerea Roher Armentia, L. Ribas, Adriano B L Tort, S. Mackenzie, V. Mulero

• español

  La complejidad de la arquitectura funcional inmunológica exige, en la era postgenómica, un tratamiento consistente de la semántica y la sintaxis formal de la ingente carga informativa derivada de la experimentación conjunta, funcional y computacional, de las redes de transcripción, activación y regulación de la respuesta inmunitaria organizada. El análisis de los perfiles de regulación y coexpresión transcriptómicos, insertos en las redes de influencia genética de la respuesta inmunitaria, necesita de modelos experimentales cuyo descifrado genómico corra parejo al filogenético en el seno de un modelo conceptual panespecífico de la disfunción y regulación inmunitarias, aún por definir y del que se sugieren aquí unas pautas de construcción.La prognosis y evaluación patológica de las especies de vertebrados einvertebrados cultivados en la acuicultura convencional se ha benefi-ciado de la investigación genómica en especies modelo de escasa rele-vancia económica (Danio rerio, Strongylocentrotus purpuratus) escogidaspor su facilidad de cría y manipulación en condiciones controladas delaboratorio. Sin embargo, la aplicación de su descripción inmunómicaa las especies de teleósteos, crustáceos y moluscos de cultivo habitual,aunque válida, se muestra incompleta debido a la idiosincrasia, vitaly adaptativa propia de cada especie y al grado de completitud de losproyectos de secuenciación genómica asociados. Se sugiere, por tanto,la inclusión de la perspectiva filogenómica en los estudios inmunitariosal uso basados en la infección experimental controlada y/o maduraciónde linajes y organografía linfoides de las especies acuícolas cultivadas.El programa de investigación en acuicultura debe considerar, asimis-mo, el panorama emergente de la nueva inmunología, que diferencialos mecanismos combinatorios basados en la expresión de genes RAGy la comunicación celular mediada por factores de reconocimientohistocompatibles (MHC) típicos de gnatostomados, de mecanismosalternativos, propios de vertebrados basales e invertebrados, para lageneración y multiplicación de receptores capaces de reconocer laextensa diversidad antigénica.

• English

  The complexity of the functional immune architecture in the postgenomicera, involves a consistent treatment of the semantics and formal syntax forthe increasing amounts of information. Such information results mainlyfrom the joint research, both functional and computational, of the transcription, activation and regulatory networks related to the organised immuneresponse. The analysis of the regulation and transcriptomic coexpressionprofiles, included in the networks of the genetic influence in the immune response, does need specific experimental models. These models shouldinclude both genomic and filogenetic discovery into a panspecific model ofimmune dysfunction and regulation, still uncompleted, and from which someconstruction clues are suggested. The prognosis and pathological evaluationof the vertebrate and invertebrate species used in conventional aquaculturehas benefited from the genomic research on species of limited economicrelevance (Danio rerio, Strongylocentrotus purpuratus) but that havebeen chosen because of their advantages in reproduction and husbandry inthe laboratory. However, the application of their immunomic description tothe currently aquacultured fish, crustaceans and molluscs, although valid,appears incomplete due to vital conditions of each species and the degree ofcompletion of the associated genomic sequentiation projects. Therefore, theinclusion of the filogenetic perspective in the immune studies is suggested,based on the research on controlled experimental infections and/or in studieson organography and lymphoid lineages and their maturation process inaquaculture species. A research program in aquaculture should also includethe emerging data in the latest immunological advances that identifies thecombinatory mechanisms based on the RAG gene expression, and also thecell communication mechanisms mediated by histocompatible recognitionfactors (MHC) which are typical in gnatosthomes, together with alternativemechanisms currently found in lower vertebrates and invertebrates. All thesemechanisms are involved in the generation and multiplication of receptorsthat are able to recognise the extensive antigenic diversity.