First insights into the fecal bacterial microbiota of the black–tailed prairie dog (Cynomys ludovicianus) in Janos, Mexico
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I. Pacheco-Torres [1] ; C. García-De la Peña [1] ; D. R. Aguillón-Gutiérrez [1] ; C. A. Meza-Herrera [2] ; F. Vaca-Paniagua [3] ; C. E. Díaz-Velásquez [3] ; L. M. Valenzuela-Núñez [1] ; V. Ávila-Rodríguez [1]
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[1] Universidad Juárez del Estado de Durango
Universidad Juárez del Estado de Durango
México
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[2] Universidad Autónoma Chapingo
Universidad Autónoma Chapingo
México
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[3] Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico–Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, México
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- Localización: Animal Biodiversity and Conservation, ISSN 2014-928X, Vol. 42, Nº. 1, 2019, págs. 127-134
- Idioma: inglés
- Títulos paralelos:
- Primeros datos sobre la microbiota bacteriana fecal del perrito de las praderas de cola negra (Cynomys ludovicianus) en Janos, México
- Enlaces
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Resumen
- español
Las bacterias intestinales son un indicador importante de la salud de su hospedero y la incorporación de una evaluación periódica de la composición taxonómica de estos microorganismos en los planes de gestión y conservación puede ser una herramienta valiosa para detectar cambios que puedan poner en peligro la supervivencia de las poblaciones amenazadas. En este estudio describimos la diversidad y abundancia de las bacterias fecales de una especie amenazada, el perrito de la pradera de cola negra (Cynomys ludovicianus), en la Reserva de la Biosfera de Janos, en Chihuahua, México. Se analizaron muestras fecales mediante secuenciación masiva de siguiente generación y se amplificó la región V3–V4 del gen que codifica el ARNr 16S utilizando la tecnología Illumina. Los resultados se analizaron con QIIME a partir de la referencia EzBioCloud. Se identificaron 12 filos, 22 clases, 33 órdenes, 54 familias y 263 géneros. Los filos Firmicutes y Bacteroidetes, que fueron los grupos más abundantes, se asocian con comunidades intestinales saludables y una alta eficiencia en la dieta energética. La mayoría de los géneros bacterianos detectados en este estudio para C. ludovicianus no son patógenos y se encuentran habitualmente en las heces de mamíferos. Algunas de las otras bacterias están asociadas al suelo, el agua y las plantas, posiblemente en relación con el hábitat del perrito de las praderas de cola negra. Este es el primer estudio que reporta las bacterias fecales de C. ludovicianus en México y que proporciona un punto de referencia para determinar la salud de esta especie con vistas a utilizar esta información en estrategias de conservación a largo plazo.
- English
Intestinal bacteria are an important indicator of the health of their host. Incorporating periodic assessment of the taxonomic composition of these microorganisms into management and conservation plans can be a valuable tool to detect changes that may jeopardize the survival of threatened populations. Here we describe the diversity and abundance of fecal bacteria for the black–tailed prairie dog (Cynomys ludovicianus), a threatened species, in the Janos Biosphere Reserve, Chihuahua, Mexico. We analyzed fecal samples through next generation massive sequencing and amplified the V3–V4 region of the 16S rRNA gene using Illumina technology. The results were analyzed with QIIME based on the EzBioCloud reference. We identified 12 phyla, 22 classes, 33 orders, 54 families and 263 genera. The phyla Firmicutes and Bacteroidetes were the most abundant groups and are associated with healthy intestinal communities and high efficiency in the energy diet. Most of the bacterial genera reported here for C. ludovicianus are not pathogenic and are normally found in mammalian feces. Some of the other bacteria are associated with soil, water and plants, possibly in relation to the habitat of the black– tailed prairie dog. This is the first study to report the fecal bacteria of C. ludovicianus in Mexico and it provides a baseline for determining this species' health for use in long–term conservation strategies.
- español
