La idea según la cual el gen es una unidad estructural y funcional se ha visto cada vez más cuestionada a causa de descubrimientos realizados en investigaciones con eucariotas. Podemos clasificar los desafíos planteados a dicha idea en tres tipos: (i) correspondencias uno-a-muchos entre segmentos de ADN y ARN/polipéptidos (como, por ejemplo, en el empalme alternativo); (ii) correspondencias muchos-a-uno entre segmentos de ADN y ARN/polipéptidos (como en las reorganizaciones genómicas,. tales como las implicadas en la generación de diversidad en los receptores de antígenos de los linfocitos); (iii)falta de correspondencia entre segmentos del ADN y ARN/polipéptidos (como, por ejemplo, en la edición del ARNm). Sin embargo, incluso si, por estas razones , no sería realista (o incluso útil) buscar una definición única de gen, es de capital importancia que seamos capaces de formular diferentes definiciones conectadas entre sí teórica y operacional mente.
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