Developing a taxonomic identification system of Phytophthora species based on microsatellites

• Autores: Johanna Castillo Munuera, Martha Emiliana Cárdenas, Andrés M. Pinzón, Adriana Castañeda, Adriana Bernal, Silvia Restrepo
• Localización: Revista Iberoamericana de Micología, ISSN 1130-1406, Vol. 30, Nº. 2, 2013, págs. 88-95
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Determinación de un sistema de identificación de especies de Phytophthora basado en microsatélites
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  • español

    Antecedentes Phytophthora es el género más importante de los oomicetos, que son patógenos vegetales. Actualmente se han descrito 117 especies de este género, siendo la mayoría invasivas primarias de los tejidos vegetales. Las diferentes especies son agentes causales de enfermedades en una amplia variedad de cultivos y plantas en su medio natural. Con el objetivo de formular estrategias eficientes de control frente a especies de Phytophthora, es primordial conocer la biología, ecología y procesos evolutivos de estos importantes patógenos.

    Objetivos El objetivo de este estudio fue proponer y validar un sistema de identificación de bajo coste de especies de Phytophthora con una serie de marcadores microsatélites polimórficos (SSR).

    Métodos Se obtuvo un total de 33 aislamientos de diferentes especies del género, incluidas Phytophthora infestans, Phytophthora andina, Phytophthora sojae, Phytophthora cryptogea, Phytophthora nicotianae, Phytophthora capsici y Phytophthora cinnamomi. Como marcadores potencialmente transferibles entre estas especies del género Phytophthora se seleccionaron 13 microsatélites, y las condiciones de amplificación, incluidas las temperaturas de alineamiento, se estandarizaron para varios marcadores.

    Resultados Un subgrupo de estos marcadores microsatélites se amplificó en todas las especies mostrando alelos específicos de especie.

    Conclusiones Se describen la adaptabilidad e influencia del sistema de identificación en un país agrícola andino como Colombia, donde coexisten diferentes especies de Phytophthora en el mismo huésped o en diversos huéspedes cultivados al mismo tiempo.

  • English

    Background Phytophthora is the most important genus of the Oomycete plant pathogens. Nowadays, there are 117 described species in this genus, most of them being primary invaders of plant tissues. The different species are causal agents of diseases in a wide range of crops and plants in natural environments. In order to develop control strategies against Phytophthoraspecies, it is important to know the biology, ecology and evolutionary processes of these important pathogens.

    Aims The aim of this study was to propose and validate a low cost identification system for Phytophthora species based on a set of polymorphic microsatellite (SSRs) markers.

    Methods Thirty-three isolates representing Phytophthora infestans, Phytophthora andina, Phytophthora sojae, Phytophthora cryptogea, Phytophthora nicotianae, Phytophthora capsici and Phytophthora cinnamomi species were obtained, and 13 SSRs were selected as potentially transferable markers between these species. Amplification conditions, including annealing temperatures, were standardized for several markers.

    Results A subset of these markers amplified in all species, showing species-specific alleles.

    Conclusions The adaptability and impact of the identification system in Colombia, an Andean agricultural country where different Phytophthora species co-exist in the same or in several hosts grown together, are discussed.