Identification of the S3 self-incompatibility allele in almond by specific primers

• Autores: José Manuel Alonso Segura, Rafel Socias i Company
• Localización: Spanish journal of agricultural research, ISSN-e 2171-9292, ISSN 1695-971X, Nº. 3, 2005, págs. 296-303
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Identificación del alelo S3 de autoincompatibilidad en el almendro mediante cebadores específicos
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• Resumen
  • español

    La identificación del alelo S3 de autoincompatibilidad en el almendro mediante los cebadores PCR existentes es problemática, ya sea por su débil amplificación en determinadas combinaciones alélicas o por la falta de polimorfismo con el alelo de autocompatibilidad (Sf). Por ello, se diseñaron tres nuevos cebadores, uno ¿directo¿ (S3F) y dos ¿inversos¿ (S3R1 y S3R2) para la amplificación específica del alelo S3. Los cebadores S3F y S3R1 se diseñaron a partir de la secuencia del segundo intrón de este alelo, mientras que el S3R2 se diseñó a partir de la secuencia previa a la región conservada RC4. Cuatro combinaciones de cebadores (S3F/S3R2, S3F/ConR, ConF/S3R1 y ConF/S3R2) mostraron una amplificación satisfactoria del alelo S3. El uso de cebadores complementarios a las secuencias de los intrones de las S-RNasas permite la identificación específica de los alelos S y conocer previamente el tamaño del fragmento PCR amplificado.

  • English

    To date, the identification of the S3 self-incompatibility allele in almond using PCR primers has been problematic, either because of its weak amplification in some allelic combinations, or because of a lack of polymorphism in comparison with the self-compatibility (Sf) allele. This paper describes the use of three new primers, one ¿forward¿ (S3F) and two ¿reverse¿ (S3R1 and S3R2), specifically designed to amplify the S3 allele. Primers S3F and S3R1 were designed from the sequence of the second intron of this allele, while S3R2 was designed from the sequence upstream of the RC4 conserved region. Four primer combinations (S3F/S3R2, S3F/ConR, ConF/S3R1 and ConF/S3R2) satisfactorily amplified the S3 allele. The use of consensus primers from the S-RNase intron sequences allows specific identification of the S-alleles, and indicates the expected size of the amplified fragment.