Resumen de Pneumocystis jirovecii en el segle xxi
La neumonía por Pneumocystis jirovecii (PJP) ha experimentado cambios en su epidemiología en las últimas décadas, sobre todo en países con acceso a los tratamientos antirretrovirales de alta eficacia. La prevalencia de la PJP en pacientes inmunocomprometidos VIH negativos (oncológicos, hematológicos, trasplantados, enfermedades autoinmunes o aquellos que reciben terapias inmunodepresoras) está en aumento. En ellos, por lo general, la infección es más aguda y grave, presentando mayor requerimiento en UCI y mortalidad más elevada, comparado con los VIH positivos. Su diagnóstico se ve dificultado porque característicamente cursa con menor carga fúngica y, con frecuencia, no pueden someterse a una fibrobroncoscopia, poniendo en evidencia la necesidad de mejorar el rendimiento las herramientas convencionales para el diagnóstico de laboratorio. Por otra parte, conocer la diversidad genética de Pneumocystis puede facilitar la comprensión de su ecología. Este conocimiento se ha visto limitado hasta la fecha por la ausencia de un método de tipado estandarizado con rendimiento aceptable.
Los objetivos principales de esta tesis son: (i) evaluar el rendimiento de dos PCR a tiempo real sobre muestras obtenidas de forma invasiva y no invasiva para optimización del diagnóstico de la PJP, especialmente en población no VIH, así como la influencia de la diana utilizada, y generando los correspondientes criterios de interpretación; (ii) comparar el rendimiento de dos esquemas de MLST (β-TUB, DHPS, mt26S, ITS versus CYB, mt26S, SOD) propuestos previamente y posibles combinaciones alternativas de sus loci para identificar la estrategia MLST más adecuada para el genotipado de Pneumocystis, prestando atención a la influencia de la carga fúngica sobre la tasa de amplificación y (iii) utilizar la combinación de loci con mejor rendimiento describir la epidemiología molecular de Pneumocystis en una cohorte retrospectiva en un hospital terciario de Barcelona, incluyendo pacientes colonizados e infectados.
Independientemente de la diana de la PCR utilizada, las muestras de lavado oral resultaron útiles para el diagnóstico rápido y certero de la PJP, mediante una interpretación cualitativa de los resultados. También resultaron útiles en su aplicación a muestras invasivas, aunque se requiere interpretación cuantitativa de los resultados.
La carga fúngica tuvo impacto en las tasas de éxito de secuenciación, principalmente en los loci nucleares. Una selección cuidadosa de dianas y la optimización de protocolos técnicos permitió identificar la combinación de CYB, mt26S, β-TUB y SOD como la más adecuada y discriminatoria para el genotipado de Pneumocystis, mejorando el rendimiento con respecto a los dos esquemas MLST previamente descritos. La nueva combinación de loci revelo una elevada diversidad genética presente en la cohorte, sin predominancia de secuenciotipos. No se identificó asociación entre variantes alélicas o secuenciotipos y rasgos clínicos. El esquema MLST seleccionado permitió descartar la transmisión cruzada del hongo entre pacientes.
