Resumen de Taxonomía y filogenia de aislados clínicos y ambientales de penicillium y talaromyces
Penicillium y Talaromyces (Eurotiomycetes) son considerados algunos de los géneros más comunes y ubicuos del phylum Ascomycota. La gran mayoría de las especies de estos dos géneros comparten características micromorfológicas similares por lo que son comúnmente llamados hongos penicilia. Penicillium y Talaromcyces son conocidos por la capacidad de producir metabolitos secundarios los cuales son considerados de importancia en el campo de la biotecnología o industria (farmacéutica y alimentaria). Además, algunas de las especies de estos dos géneros también son de relevancia clínica al ser capaces de causar infecciones en humanos y animales. La identificación clásica de los penicilia se realiza principalmente con la caracterización morfológica. Sin embargo, en las últimas décadas el uso de métodos moleculares ha sido indispensable para la identificación a nivel de especie, teniendo en cuenta el alto número de especies aceptadas en Penicillium y Talaromcyces. El objetivo principal de esta tesis fue contribuir al mejor conocimiento de estos géneros, explorando la diversidad de especies de los mismos a partir de muestras clínicas y ambientales. En total, se obtuvieron 314 aislamientos (118 de origen clínico y 196 de origen ambiental, incluyendo muestras de suelo y excrementos de animales). La identificación de los aislamientos se llevó a cabo, principalmente, mediante el análisis comparativo de las secuencias de un fragmento del gen de la β-tubulina (marcador molecular de preferencia para la identificación inter-específica dentro de los géneros de interés), a partir del cual también se pudieron detectar potenciales nuevas especies para la ciencia. La caracterización y propuesta de nuevos taxones se realizó en a partir del estudio polifásico de los aislamientos interesantes, y consistía con el análisis filogenético multigénico (ITS, β-tubulina, y/o rpb2, calmodulina) y una caracterización fenotípica teniendo en cuenta características fisiológicas, macro y microscópicas de las mismas. Además, de las especies más frecuentemente encontradas en muestras clínicas, se evaluó la sensibilidad antifúngica in vitro frente a los principales fármacos empleados. En resumen, se identificaron un total de 263 cepas del género Penicillium, 45 de Talaromyces, 2 de Rasamsonia y 4 aislados se han determinado como representativas de dos nuevos géneros para la familia Aspergillaceae. Las secciones de Penicillium más representativas entre los aislados clínicos fueron Chrysogena, Citrina, Fasciculata y Lanata-Divaricata, y de Talaromyces fue la sección Talaromyces. Cabe destacar, también, que de este último género se propusieron cuatro nuevas especies. Los perfiles de sensibilidad antifúngica in vitro mostraron buena actividad de la terbinafina y las equinocandinas frente a las especies de Penicillium y Talaromyces evaluadas, mientras que la anfotericina B presentó una actividad antifúngica intermedia, y los azoles evidenciaron una actividad variable. En relación con los aislamientos de origen ambiental, se identificaron un total de 50 especies de penicilia, siendo Fasciculata y Robsamsonia las secciones más frecuentes. Asimismo, se propusieron 13 nuevas especies (9 Penicillium y 4 Talaromyces), y dos géneros nuevos Penicillago con la nueva combinación Pgo. nodositata (anteriormente P. nodositatum) y Pseudopenicillium con dos combinaciones nuevas Pse. giganteum y Pse. megasporum (antes P. giganteum y P. megasporum, respectivamente) y una nueva especie, Pse. coprobium. La mayoría de taxones nuevos de origen ambiental fueron encontrados en muestras de heces de herbívoros Los datos aportados en la presente tesis han contribuido en la exploración de la biodiversidad de los penicilia.
