Development of informatic tools for extracting biomedical data from open and proprietary data sources with predictive purposes
- Autores: Oriol López Massaguer
- Directores de la Tesis: Manuel Pastor Maeso (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2017
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Alessandra Roncaglioni (presid.), Jordi Quintana Ruíz (secret.), Mateu Villaret Auselle (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad Pompeu Fabra
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
Hemos desarrollado nuevas herramientas de software para obtener información de fuentes de datos públicas y privadas para desarrollar modelos de toxicidad in silico. La primera de estas herramientas es Collector, una aplicación de código abierto que genera una serie de compuestos "listos para QSAR" anotados con bioactividades, que extraen los datos de la plataforma Open PHACTS utilizando tecnologías de web semántica. Collector se aplicó en el marco del proyecto eTOX para desarrollar modelos predictivos para endpoints de toxicidad.
Además, concebimos, diseñamos, implementamos y probamos un método para derivar marcadores de toxicidad adecuados para el modelado predictivo a partir de estudios preclínicos de dosis repetidas in vivo generados por la industria farmacéutica. Este enfoque fue probado generando scorings para tres endpoints de hepatotoxicidad: "lesiones degenerativas", "cambios hepáticos inflamatorios" y "lesiones proliferativas no neoplásicas".
La idoneidad de estos scorings se probó al compararlos con dosis de “Point of departure” obtenidas experimentalmente, así como mediante el desarrollo de modelos tentativos QSAR, obteniendo resultados aceptables. Nuestro método se basa en la inferencia basada en la ontología para extraer información de nuestros datos anotados mediante ontologías almacenados en una base de datos relacional. Nuestro método, se puede aplicar a otras bases de datos de toxicidad preclínica para generar scorings de toxicidad. Además, el método de inferencia basado en ontologías es aplicable a cualquier base de datos relacional anotada con ontologías
