En el registro sedimentario neógeno de la Cuenca de Calatayud se han diferenciado tres unidades mayores denominadas Unidad Inferior, Intermedia y Superior. Las unidades inferior e intermedia poseen un carácter evaporítico mientras que la unidad superior responde a un sistema fluvio-lacuestre carbonático de agua dulce. La unidad intermedia se caracteriza por una gran complejidad; su arquitectura deposicional responde a la génesis de un paleorrelieve a techo de la unidad inferior, ligado a karstificación de yesos. Además, registra grandes cuerpos formados por carbonatos diagenéticos (calcita) que se encuentran influenciados por un cambio en la hidroquímica de las aguas de la cuenca.
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