Resumen de Phylogenetic analysis of spike gene of porcine epidemic diarrhea virus in Colombia, 2014-2015

I. Sandoval, J. Infante, O. Torres, D.M. Herrera Ibatá

• español

  Se reportaron brotes de diarrea epidémica porcina en Colombia durante 2014-2015. En el presente análisis, se descargaron secuencias de nucleótidos completas del Genbank para el gen Spike de las cepas del virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) reportadas en Colombia. En el árbol filogenético basado en proteínas de espiga de PEDV, las cepas de Colombia se agruparon en los genotipos G2a y S-INDEL, las cepas mostraron alta homología (> 99,9%) con cepas de Estados Unidos (Colorado / 2013, OH851), como así como inserciones y deleciones en el dominio S1 del gen Spike presente tanto en cepas colombianas como en cepas de referencia. Se han identificado varias sustituciones de aminoácidos en los epítopos neutralizantes de las cepas colombianas en comparación con la cepa de referencia CV777. Estos estudios podrían ayudar a rastrear las posibles rutas de introducción del PEDV en Colombia, reconocer las relaciones filogenéticas de las cepas que circulan en el país e implementar estrategias de control y prevención.

• English

  Outbreaks of porcine epidemic diarrhea were reported in Colombia during 2014-2015. In the present analysis, complete nucleotide sequences were downloaded from the Genbank for the Spike gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) strains reported in Colombia. In the phylogenetic tree based on spike proteins of PEDV, the strains from Colombia were clustered into genotypes G2a and S-INDEL, the strains showed high homology (> 99.9%) with strains from the United States (Colorado / 2013, OH851), as well as insertions and deletions in the S1 domain of the Spike gene present both in Colombian strains and reference strains. Several amino acid substitutions have been identified in the neutralizing epitopes for the Colombian strains compared to the CV777 reference strain. These studies could help to trace the possible routes of introduction of PEDV in Colombia, recognize the phylogenetic relationships of the strains circulating in the country, and implementing control and prevention strategies.