Evaluación de la diversidad genética de subespecies de arroz usando marcadores microsatélitales y AFLP

• Erika Arnao ^[2] ; Nohelia Rodríguez ^[3] ; Patricio Hinrinsen ^[4] ; Yorman Jayaro ^[2] ; Catalina Ramis ^[1] ; Iris Pérez-Almeida ^[3]
  1. [1] Universidad Central de Venezuela

     Universidad Central de Venezuela

     Venezuela

     
  2. [2] Fundación para la Investigación Agrícola DANAC. Venezuela
  3. [3] INIA-CENIAP. Maracay. Venezuela
  4. [4] INIA. Chile

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• Localización: Agronomía Tropical, ISSN 0002-192X, Vol. 57, Nº. 1, 2007, págs. 45-50
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Evaluation of genetic diversity in rice subespecies using AFLP and microsatellite markers
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• Resumen
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    Los marcadores moleculares representan una herramienta poderosa en la evaluación de la diversidad genética y en la determinación de identidad, especialmente en variedades de base genética estrecha como el arroz. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética de las subespecies de arroz Indica y Japónica, mediante el uso de marcadores microsatélite y AFLP. Para ello, se evaluaron 12 variedades de arroz venezolanas y 12 variedades chilenas pertenecientes a las subespecies Indica y Japonica, respectivamente, con 13 marcadores microsatélites (SSR) y 5 combinaciones de primers AFLP. La presencia (1) y ausencia (0) de bandas para cada SSR y combinación de primers AFLP fue registrada para cada individuo y luego convertidos a matrices de similitud y distancia genética para los SSR y AFLP, respectivamente, a partir de la cual se construyó un cluster por el método UPGMA y se realizó el análisis de coordenadas principales. Con los 13 SSR se obtuvo un total de 70 alelos, siendo el promedio de 5,64 alelos por locus, y el contenido de información polimórfica de 0,60. Mientras que, con las 5 combinaciones de AFLP se generaron 82 bandas, de las cuales 43 (51,8%) resultaron polimórficas. Ambos métodos de agrupamiento clasificaron las variedades en 2 grupos: el primero correspondió a las variedades de la subespecie Japónica (chilenas) y el segundo a la Indica (venezolanas). El grupo Japónica mostró menor diversidad genética que el grupo de Indica, y en general todas las variedades pudieron ser distinguidas.

    Los resultados sugieren que un pequeño número de marcadores genera suficiente información para estimar diversidad genética entre subespecies de arroz e identificar variedades.

  • English

    Molecular markers represent a powerful tool for genetic diversity assessment and identity determination especially in genetic narrow based rice varieties. This study aimed to assess the genetic diversity of Indica and Japonica rice subspecies using SSR molecular markers and AFLPs. We evaluated 12 rice Venezuelan varieties (Indica) and 12 Chilean varieties (Japonica) with 13 microsatellite markers (SSR) and four AFLP primer combinations. Presence (1) and absence (0) of bands for each microsatellite (SSR) and AFLP primer combination were scored for each variety, and then converted into similarity and distance genetic matrix for SSR and AFLP, respectively, to construct a cluster by the UPGMA method. Also a Principal Component Analysis was performed. A total of 70 alleles were obtained from the 13 SSRs, with an average of 5,64 alleles per locus, and a polymorphic information content of 0,60. A total of 82 bands were generated from four AFLPs combinations, from which 43 (51,8%) resulted polymorphic. Both grouping methods classified the varieties in two groups: first one corresponded to the Japonica subspecies varieties (Chilean) and the second to the indica subspecies varieties (Venezuelan). Japonica group showed a higher genetic diversity than the Indica group, and in general all varieties could be differentiated.

    Our results suggest that a small number of markers can generate enough amount of information useful to estimate genetic diversity between rice subspecies and to identify varieties.